Los colores de la bandera se originaron de los de la bandera del Ejército de las Tres Garantías, que duró desde 1821 hasta 1823. Originalmente el significado de los colores fueron los siguientes:
El significado fue cambiado debido a la secularización del país, liderada por el entonces Presidente Benito Juárez. El nuevo significado de los colores fue:
Alfred Znamierowski, autor del libro The World Encyclopedia of Flags (Enciclopedia Mundial de Banderas), también da los siguientes significados para los colores: